Риск по управлению обусловлен командами, изменяющими естественный порядок вычислений, что создает наибольшие проблемы практической реализации эффективного конвейера. Канонический кон­вейер ориентирован на линейные программы. В нем ступень выборки извлекает команды из последовательных ячеек памяти, используя для этого счетчик команд. Адрес очередной команды в линейной программе формируется автомати­чески, за счет прибавления к содержимому счетчика команд числа, равного длине текущей ко­манды в байтах. Реальные программы практически никогда не бывают линейными. В них как правило обязательно присутствуют команды управления, изменяющие последова­тельность вычислений. Это команды безусловных и условных переходов, команды вызова процедур, команды возврата из процедур и т. п. Доля подобных команд в программе в среднем  составляет не менее 15 – 20%. Неоднозначность при выборке следующей команды в случае команд перехода может приводить к приостановке конвейе­ра, что в целом снижает производительность процессора.